质粒图谱（pcoldi质粒图谱）
如何查找质粒图谱
方法一：使用 NT 软件
做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，公司的这款软件绝对是分子生物学虫子们的福音，要想对质粒图谱了解更直观，安装这款软件是非常必要的。这款软件的软件包里面会包括公司的所有质粒图谱信息和其他比较常见和经典的质粒图谱。
方法二：查找质粒图谱的网站 （）
这个网站很页面很人性化，以前叫做，现在网站做了整合，比如查找pRS类质粒图谱（注意，是一类质粒图谱，没关系，照样能找到），直接在搜索框输入pRS，可以看到，之类质粒一共有三十多个。
找到自己需要的质粒名称，点击进入，就可以看到质粒图谱了。
如何阅读质粒图谱
第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核/真核/穿梭质粒）
第二步：再看筛选标记，如抗性，决定使用什么筛选标记。
（1）Ampr 水解β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。
（2）tetr 可以阻止四环素进入细胞。
（3）camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
（4）neor（kanr） 氨基糖苷磷酸转移酶 使G418（长那霉素衍生物）失活
（5）hygr 使潮霉素β失活。
第三步：看多克隆位点（MCS）。它具有多个限制酶的单一切点。便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
第四步：再看外源DNA插入片段大小。质粒一般只能容纳小于10Kb的外源DNA片段。一般来说，外源DNA片段越长，越难插入，越不稳定，转化效率越低。
第五步：是否含有表达系统元件，即启动子－核糖体结合位点－克隆位点－转录终止信号。这是用来区别克隆载体与表达载体。克隆载体中加入一些与表达调控有关的元件即成为表达载体。选用那种载体，还是要以实验目的为准绳。
质粒图谱怎么看
1.第一步，看箭头：
大多数质粒都会有箭头，箭头有两种解释。一种是转录方向，转录方向主要是由启动子开始的一个大箭头，是启动子启动序列的顺序。另一种是复制起始位点的方向，复制起始位点就是该质粒在大肠杆菌等细菌或真菌中DNA复制的一个方向。
还需要提到的是F1启动子（图上的f1 ori）代表的是噬菌体的复制起始方向，只能复制出单链的DNA哦，但是可以用来测序。看懂转录的方向，这样就方便设计插入片段的位置和方向性。
2.第二步，看上面的标签。
报告基因：通常会有一两个蛋白，被用作报告基因，比如常见的（绿色荧光蛋白），Puro（嘌呤霉素），Lacz（乳糖操纵子）等等。和抗性基因不同，这样的报告基因，并不是为了在大肠杆菌扩增质粒的过程中起作用的。
而是在质粒转入表达体系后起到作用的，基本上就是为了显示过表达或是敲减的基因是否正常运作。有的报告基因会融合在蛋白中表达，有的会另外用一个独立的启动子进行表达（比如shRNA的质粒中）。
3.第三步，看多克隆位点：
MCS（ Site，也就是多克隆位点），一般图中会把多克隆位点上的酶切位点都标记出来。上面的酶切位点顺序，一般都是按照5`-3`的顺序排列下来的，需要注意的是这样几点。
第一点是要注意，酶切位点边标注了*的一般是指并不仅仅存在一个位点，也就不能用来作为构建质粒的酶切位点。
第二点需要注意的是，有的酶切位点，在序列中只有一个，但它上面也会标注一个*或者（dam），这说明可能这个酶切位点会有CpG岛的甲基化修饰[常见的是XbaI，TCTAG(6m)A中的TC无法切开]，一般也是不能用的。但是非要用这个酶切位点的话，就需要用非甲基化的感受态细胞，如JM109或者JM110。
4.第四步，看多克隆位点的序列：
末端如果有差异的话，可以把基因的ATG（甲硫氨酸）的5`末端替换1-2个碱基（变成GTG或者GCG这样），从第二个氨基酸序列开始完全一致即可。而配合扩增和酶切的话，插入片段是允许有3`末端的冗余。
为了可以应付3`末端的冗余碱基，在多克隆位点序列后，会有译码的终止TAA密码，即使插入的片段使得3`末端产生了移码突变，照样能使表达的蛋白正常终止掉（在酵母双杂的AD质粒中，由于插入的是随机cDNA，所以AD的载体上会常见这样的结构）。
扩展资料
分类
1.根据质粒能否通过细菌的接合作用，可分为接合性质粒和非接合性质粒。
接合性质粒带有与接合传递有关的基因。非接合质粒在一定条件下通过与其共存的接合质粒的诱动或转导而传递。
2.根据质粒在细菌内的复制类型可分为两类：严紧控制型和松弛控制型。
严紧控制复制型质粒的复制酶系与染色体DNA复制共用，只能在细胞周期的一定阶段进行复制，当细胞染色体停止复制时，质粒也就不再复制。
松弛控制复制型的质粒的复制酶系不受染色体DNA复制酶系的影响，在整个细胞生长周期中随时都可以复制，在染色体复制已经停止时质粒仍能继续复制。
3.根据质粒的不相容性，可分为不相容性和相容性。
不相容性指结构相似、密切相关的质粒不能稳定地共存于同一宿主细菌内的现象，反之为相容性。常用于流行病学的调查。
参考资料：百度百科-质粒
质粒图谱的认识
1.复制起始位点：Ori 即控制复制起始的位点。原核生物 DNA 分子中只有一个复制起始点。而真核生物 DNA 分子有多个复制起始位点。F1启动子（f1 ori）代表的是噬菌体的复制起始方向，只能复制出单链的DNA
2.抗生素抗性基因：单词最后会以大写R或上标r结束。
Ampr 氨苄青霉素，水解 β－内酰胺环，解除氨苄的毒性。
tetr 四环素，可以阻止四环素进入细胞。
camr 生成氯霉素羟乙酰基衍生物，使之失去毒性。
neor（kanr）氨基糖苷磷酸转移酶 使 G418（长那霉素衍生物）失活。
hygr 潮霉素，农杆菌里常用的。使潮霉素 β 失活
Kan（卡那霉素，常用）、Cmr（氯霉素，某些酵母表达质粒）、SM（链霉素）、
3.多克隆位点 MCS：它具有多个限制酶的单一切点。便于外源基因的插入。如果在这些位点外有外源基因的插入，会导致某种标志基因的失活，而便于筛选。决定能不能放目的基因以及如何放置目的基因。
4.P/E 启动子/增强子
P：这个一般是代表启动子。常见的启动子有：CMV、EF1（这俩是启动长片段的），H1、U6（启动短片段的，比如shRNA），35S、2×35S（做植物的应该懂的）。
5.Terms 终止信号
加 poly（A）信号：可以起到稳定 mRNA 作用。pA：这个就是转录终止位点poly A。
关于质粒:
质粒图谱4大要素
质粒解剖
质粒四大要素：
一、复制起点：控制着质粒的复制，并决定了质粒的宿主和拷贝数；
Ori 是质粒的复制起点（也称 ), ori 和它所控制的组分一起称为一个复制子， ori 调控整个质粒在大肠杆菌中滚环式复制，使得质粒可以得到大量扩增
质粒中有两个 的，为穿梭质粒，既可以在原核细胞复制，也可在真核细胞中复制。
二、筛选标记： 多为抗性基因，以便加以检测筛选；
只存在单抗性的质粒多为原核克隆载体
和原核表达载体。
而存在两种或以上的抗性的多为真核表达质粒，多为穿梭质粒
真核表达质粒不仅含 如AmpR ，还有如NeoR 筛选标记
三、多克隆位点： 外源基因的插入位点；
多克隆位点简称 MCS ，图谱中的 MCS 区
或者许多内切酶集中的部分，就是质粒的多克隆位点，它一般位于转录启动和转录终止信号之间
多克隆位点是外源 DNA 的插入位点，一般可通过酶切后连接的方式将外源 DNA 插入质粒
四、其他件：如转录调控元件、翻译表达元件和蛋白标签等
质粒中除了复制起始位点、筛选标记、多克隆位点外，还具有其他一些表达或调控元件，
如，转录调控元件（启动子），
翻译调控元件
融合表达标签蛋白等
